Després de transitar molts anys en Tercera i categories regionals, el Villarreal CF aconseguiria donar un colp d’efecte que li rellançaria. Sota la presidència de Pascual Font de Mora, l’equip aconseguiria ascendir dues categories en dos anys consecutius. El ‘Submarí Groc’ va aconseguir l’ascens de Tercera a Segona Divisió B en la 1990-91 després de finalitzar segon en la temporada regular amb 48 punts (17 victòries, 14 empats i solament 3 derrotes; 57 gols a favor i 26 en contra) i arrasar en la fase d’ascens davant els rivals Imperial de Múrcia, CD Cala d’Or i CF Balaguer, amb cinc victòries i amb prou faenes una derrota.

Fase d’ascens a 2ª B:

• Imperial 0-1 Villarreal (18/05/91). Gol d’Honorio.
• Villarreal 8-1 Cala d’Or (26/05/91). Gols d’Honorio (2), Nadal, Planelles (2), Aparicio i Quemades (2).
• Balaguer 2-1 Villarreal (02/06/91). Gol de Nadal.
  Villarreal 1-0 Imperial (09/06/91). Gol de Nadal.
• Villarreal 3-0 Balaguer (16/06/91). Gols d’Honorio, Aparicio i Latorre.
• Cala d’Or 2-3 Villarreal (23/06/91). Gols d’Emilio, Latorre i Aparicio.

El Villarreal CF va quedar campió del grup, amb 10 punts i va ascendir a 2ª Divisió B.

En la 1991-92 repetiria la gesta i tornaria a la categoria de plata del futbol espanyol. En el Grup 3 va finalitzar en la segona plaça en la temporada regular amb 51 punts (19 victòries, 13 empats i 6 derrotes; 61 gols a favor i 39 en contra) i va aconseguir disputar la promoció d’ascens, en la qual va aconseguir alçar-se amb el liderat de la promoció davant la UD Salamanca, Girona FC i RB Linense.

Fase d’ascens a 2ª Divisió:

• Girona 1-2 Villarreal (31/05/92). Gols de Julio Pérez i Adriano.
• Villarreal 2-1 Salamanca (03/06/92). Gols de Mateu i Planelles.
• Salamanca 2-0 Villarreal (07/06/92).
• Villarreal 2-4 Girona (15/06/92). Gols de Mateu i Alcañiz.
• Villarreal 1-0 Linense (21/06/92). Gol d’Adriano.
• Linense 1 Villarreal 2 (28/06/92). Gols d’Alcañiz i Reyes.

El Villarreal CF va quedar campió del grup amb 8 punts i va aconseguir l’ascens a 2ª Divisió.

El Villarreal CF mai més abandonaria la Segona Divisió fins a la gesta heroica de l’ascens a la màxima categoria en la 1997-98.