El Villarreal va superar la Fase de Grups de la UEFA Europa League com a primer classificat del grup A, aconseguint mostrar el seu domini davant dels seus rivals, encara que no va ser una classificació fàcil. De fet, els grocs van certificar el pas a la següent ronda en el penúltim partit contra l’Astana a Kazakhstan (2-3).

L’equip de Fran Escribá va començar la competició amb una còmoda victòria davant l’Astana (3-1). A la jornada 2, el Submarí va aconseguir un punt, gràcies al seu empat a Israel, davant el Maccabi de Tel Aviv (0-0) en el qual va ser el primer partit de Javi Calleja com a entrenador del primer equip groc.

Després d’aquest, va vindre un altre, ja que el Villarreal va tornar a empatar, però aquest cop a casa, davant del Slavia Praha (2-2). En la següent jornada contra el mateix equip, el Submarí va vèncer i es va endur tres decisius punts a la República Txeca (0-2).

La primera plaça es va consolidar davant l’Astana (2-3), en un duel directe pel liderat del Grup A. Ja en l’últim partit, amb el primer lloc ja assegurat i una gran quantitat de jugadors del planter a l’equip, el Villarreal va caure davant el Maccabi de Tel Aviv a l’Estadi de la Ceràmica (0-1).

Malgrat quedar com a primer del Grup, el rival del Submarí en els setzens va ser un os molt dur de rosegar, l’Olympique de Lió. El partit d’anada, disputat al Parc Olympique Lyonnais, va acabar amb un 3-1 a favor del conjunt francès.

Ja a l’Estadi de la Ceràmica, la remuntada no arribaria. El conjunt groc va caure a causa d’un gol de Traoré a cinc minuts del final del partit (0-1).