La victòria en la final de la Intertoto davant el Heerenveen holandès va propiciar que el Villarreal debutara en la UEFA en la temporada 2003-2004. Una participació històrica en la qual els grocs van aconseguir les semifinals del segon torneig internacional d’Europa.

El Submarí es va estrenar enfrontant-se al Trabzonspor. El Villarreal no va poder brindar a la seua afició una victòria en el seu històric debut en Copa de la UEFA, ja que el resultat final d’empat a zero en el partit d’anada davant el Trabzonspor va deixar molt oberta l’eliminatòria. Finalment, el conjunt groc va aconseguir la seua classificació a la segona ronda de la Copa de la UEFA després d’aconseguir vèncer en l’infern turc al Trabzonspor per 2-3, dissipant així els dubtes creats per l’empat a zero collit en el partit d’anada. Anderson i José Mari, amb un doblet, van ser els autors dels gols grocs.

El Villarreal va haver de superar quatre rondes més fins a arribar a semifinals. Una classificació històrica per al Submarí, que arribava per primera vegada fins a aquesta instància en una competició europea. Els grocs van superar en segona ronda al Torpede de Moscou (2-0 i 0-1), en tercera al Galatasaray (2-2 i 3-0), en quarta al Roma (2-0 i 1-2) i en quarts de final al Celtic de Glasgow (1-1 i 2-0) en un partit que va servir perquè les dues aficions estretaren llaços.

Ja en semifinals el rival dels grocs va ser el Valencia CF. Un enfrontament entre equips de la Comunitat Valenciana que va acabar decantant-se del bàndol ‘che’ gràcies a un gol de Mista des del punt de penal ja en el partit de tornada. Un solitari tant en 180 minuts de joc que va castigar als grocs, que es van quedar sense jugar la seua primera final europea de la seua història.