La segunda participación del Villarreal en Europa llegó en el año 2003 con la disputa de la Copa Intertoto. Los amarillos empezaron en tercera ronda enfrentándose al Brescia italiano, logrando un resultado positivo de 2-0 en el partido de ida y empatando en el choque de vuelta a un tanto en el marcador.

En semifinales el Submarino midió sus fuerzas con el Brno de la República Checa, empatando a un gol en tierras checas y logrando una cómoda victoria por 2-0 en El Madrigal. Era tan solo la antesala del primer título europeo del Villarreal.

La gran final del torneo enfrentó a los amarillos contra el Heerenveen holandés. El 1-2 cosechado fuera de casa fue suficiente renta como para lograr el prímer título de la historia del Villarreal, ya que el partido de vuelta acabó en empate a cero goles. Una noche inolvidable en la que el Submarino logró su pasaporte para jugar en la Copa de la UEFA.