En la temporada 2009-2010, el Villarreal estrenaba la primera edición de la Europa League, una ambiciosa apuesta por relanzar un torneo continental clásico como era la Copa de la UEFA. Los amarillos llegaron hasta los dieciseisavos de final, donde fueron eliminados por el Wolfsburgo alemán.

El equipo, que comenzó la temporada con Ernesto Valverde y debutó en ronda previa frente al NAC Breda, no pudo empezar mejor el torneo. En la ida, los castellonenses encarrilaron la eliminatoria con un 1-3, mientras que la vuelta disputada en El Madrigal se saldó con un apabullante 6-1 (Rossi (2), Cazorla, Pereira, Senna y Kiko). Las cosas no podían empezar mejor.

Segundo del Grupo G

El sorteo celebrado en Nyon encuadró a los amarillos en el Grupo G con el Levski de Sofía búlgaro, el Salzburgo austríaco y la Lazio italiana. En el primer choque, el Villarreal venció por la mínima al Levski (1-0) con un tanto de Nilmar, que se estrenaba en competición oficial con los amarillos, pero en su primera salida saltó la sorpresa: el Red Bull Salzburgo derrotaba al Submarino en Austria por 2-0 y se alzaba como un potente conjunto que iba a presentar batalla en la lucha por el primer puesto.

Las cosas aún se complicaron más para el Villarreal en el tercer partido, ya que la Lazio se impuso en el descuento en el Olímpico de Roma después de un gran esfuerzo de los amarillos por puntuar. En el cuarto enfrentamiento de la fase de grupos, el Villarreal se la jugaba de nuevo frente a los romanos y esa vez no fallaron. Con dos goles de Pires, otro de Rossi y el cuarto de un Cani en plan estelar, los castellonenses volvían a meterse en la lucha por los dieciseisavos de final y dejaban a los italianos prácticamente fuera de la competición.

En la quinta jornada, los de La Plana certificaron su pase como segundos de grupo al derrotar al Levski por 0-2 en Sofía, mientras que la fase de grupos se cerró con una derrota por la mínima frente al Salzburgo en El Madrigal (0-1).

El Wolfsburgo apeó al Submarino de la gloria

En los emparejamientos de dieciseisavos de final, el bombo no fue todo lo generoso que se esperaba y el Villarreal se topó con el campeón de la Bundesliga, el Wolfsburgo. Con un Juan Carlos Garrido debutante en el banquillo amarillo, los alemanes demostraron todo su potencial ya en la ida, en la que arrancaron un empate en El Madrigal (2-2) con goles de Senna y Marco Ruben.

El Submarino depositó todas sus esperanzas en un complicado partido de vuelta que se disputó en el Volkswagen Arena de Wolfsburgo, pero esta vez los blanquiverdes se impusieron por 4-1, poniendo fin al sueño del Villarreal en la recién nacida competición.