Con la espinita clavada que supuso la eliminación en semifinales ante el Valencia en la UEFA 2003-2004, el Villarreal llegó de nuevo a jugar la segunda competición europea por medio de su título en la Intertoto. En esta edición de la UEFA los amarillos llegaron hasta cuartos de final, donde el conjunto holandés del AZ Alkmaar fue su verdugo acabando así con las ilusiones del Submarino.

Hasta llegar a cuartos de final, el Villarreal tuvo que superar tres eliminatorias y una fase de grupos en la que jugó contra cuatro equipos distintos. El Hammarby fue la primera piedra en el camino del Submarino, que ganó al equipo sueco por 1-2 fuera de casa y un claro 3-0 en el partido disputado en El Madrigal.

Ya en la fase de grupos el Submarino ganó dos partidos y empató los otros dos, por lo que salió invicto en partidos contra el Lazio (1-1), Middlesbrough (2-0), Partizán (1-1) y Egaleo (4-0).

El Dinamo de Kiev fue el rival de los amarillos en dieciseisavos de final de le UEFA 2004-2005. El partido de ida se disputó en tierras ucranianas bajo una intensa nevada que deslució el espectáculo hasta que finalmente el partido acabó con el resultado inicial de 0-0. El Madrigal dictó sentencia poco después en un partido en el que los amarillos se mostraron muy superiores y ganaron gracias a los goles de Lucho Figueroa y de Santi Cazorla (2-0).

En octavos de final el Villarreal se enfrentó al Steaua de Bucarest. La ida, disputada en Rumanía, acabó en empate a cero, mientras que el choque de vuelta se disputó en El Madrigal. José Mari anotó el primer gol con un certero testarazo al saque de un corner, mientras que Riquelme sentenció la eliminatoria desde el punto de penalti.

En cuartos de final se acabó el sueño del Submarino. En su camino se cruzó el AZ Alkmaar, que fue capaz de ganar en El Madrigal por 1-2 y empatar en su casa (1-1).