Después de haber llegado a la cima de la clasificación, el Villarreal se ganó el derecho de soñar en la primera aventura por la Liga de Campeones 2005-2006, la competición de clubes más importante del planeta. Una travesía en la que, finalmente, el Submarino causó sensación en Europa y el mundo: superó con facilidad la previa frente al Everton inglés, luego lideró invicto su grupo en la primera fase y fue pasando uno a uno los obstáculos hasta que –con muy mala fortuna- se quedó en las puertas de la final, ante un Arsenal que sufrió hasta el último suspiro para poder llegar a la definición del certamen. Los amarillos se estrenaron en la máxima competición continental, nada más y nada menos que ante el Manchester United el 14 de septiembre del 2005. Un partido muy igualado que acabó con el resultado inicial de empate a cero y en el que el Submarino dio muestras de sus intenciones.

La primera victoria del Villarreal en Liga de Campeones llegó en la jornada 4 de la Fase de Grupos, en la que el Submarino estaba encuadrado en el Grupo D. El equipo amarillo visitó el estadio de Da Luz para ganar por 0-1 al Benfica con un auténtico golazo de Marcos Senna desde 25 metros aproximadamente. Un resultado clave para finalizar la fase inicial en primera posición con 10 puntos, dos partidos ganados y cuatro empates. El Villarreal ya estaba entre los 16 mejores equipos de Europa en su primera participación en la Liga de Campeones. Todo un éxito que no acabaría ahí ni mucho menos.

El rival de los amarillos en octavos de final fue el Glasgow Rangers. El conjunto escocés, uno de los clásicos europeos, recibió al Submarino el 22 de febrero del 2006. Riquelme, de penalti, y Diego Forlán fueron los autores de los goles amarillos para lograr un valioso empate a dos en el marcador. El partido de vuelta, celebrado en El Madrigal, finalizó con un empate a uno que daba la clasificación para cuartos de final al Submarino. Arruabarrena, con su gol, ya empezaba a erigirse en el héroe de la Champions para el equipo.
El Inter de Milan, uno de los equipos más potentes de toda Europa, fue el adversario que se encontró el Villarreal en cuartos de final. El Submarino volvió a demostrar su categoría y no se amilanó en el estadio Giussepe Meazza logrando un meritorio resultado de 2-1 con gol de Forlán en los primeros minutos del encuentro de ida.

El martes 4 de abril se celebró en El Madrigal uno de los partidos más míticos en la historia reciente del Villarreal. El Inter visitaba el feudo amarillo con una ligera ventaja en el marcador que el ‘vasco’ Arruabarrena se encargó de invalidar con un certero cabezazo sobre la meta de Toldo en el minuto 58. El Madrigal disfrutó de una noche mágica. El equipo ya estaba en semifinales.

El Arsenal de Londres se cruzaba en el camino hacia la gran final. El Villarreal cayó por la mínima en el estadio de Highbury depositando así toda su ilusión en el partido de vuelta que se disputó en el feudo amarillo. Tras un emocionante partido en el que el Villarreal mereció más fortuna, el Submarino cayó eliminado fallando incluso un penalti en los últimos minutos de la eliminatoria.