La victoria en la final de la Intertoto ante el Heerenveen holandés propició que el Villarreal debutara en la UEFA en la temporada 2003-2004. Una participación histórica en la que los amarillos alcanzaron las semifinales del segundo torneo internacional de Europa.
 
El Submarino se estrenó enfrentándose al Trabzonspor. El Villarreal no pudo brindar a su afición una victoria en su histórico debut en Copa de la UEFA, ya que el resultado final de empate a cero en el partido de ida ante el Trabzonspor dejó muy abierta la eliminatoria. Finalmente, el conjunto amarillo logró su pase a la segunda ronda de la Copa de la UEFA tras lograr vencer en el infierno turco al Trabzonspor por 2-3, disipando así las dudas creadas por el empate a cero cosechado en el partido de ida. Anderson y José Mari, con un doblete, fueron los autores de los goles amarillos.
 
El Villarreal tuvo que superar cuatro rondas más hasta llegar a semifinales. Una clasificación histórica para el Submarino, que llegaba por primera vez hasta esta instancia en una competición europea. Los amarillos superaron en segunda ronda al Torpedo de Moscú (2-0 y 0-1), en tercera al Galatasaray (2-2 y 3-0), en cuarta al Roma (2-0 y 1-2) y en cuartos de final al Celtic de Glasgow (1-1 y 2-0) en un partido que sirvió para que las dos aficiones unieran lazos.
 
Ya en semifinales el rival de los amarillos fue el Valencia CF. Un enfrentamiento entre equipos de la Comunitat Valenciana que acabó decantándose del bando ‘che’ gracias a un gol de Mista desde el punto de penalti ya en el partido de vuelta. Un solitario tanto en 180 minutos de juego que castigó a los amarillos, que se quedaron sin jugar su primera final europea de su historia.