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La Copa Intertoto del año 2006 fue la trayectoria más corta en una competición europea del Villarreal. El Submarino se enfrentó en tercera ronda al conjunto esloveno del Maribor cayendo eliminado. El partido de ida fue contrario a los intereses amarillos, ya que el Maribor se llevó un gran resultado de 1-2 para el partido de vuelta con goles de Rakic y Mihelic, haciendo inútil el gol marcado por Forlán en el minuto 71 del choque. El partido de vuelta resultó muy enrevesado y el Villarreal no pudo remontar la eliminatoria empatando a uno en el marcador con tanto de Nihat.
