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El Submarino volvió a la Champions tras su histórica participación de 2006. Los amarillos llegaron hasta los cuartos de final, donde cayeron nuevamente ante el mismo rival: el Arsenal FC.
El Villarreal volvió a escuchar el himno de la Champions League en la temporada 2008-2009 gracias a una temporada espectacular en Liga en la que consiguió el subcampeonato con 77 puntos sumados en su haber al finalizar la competición. Así, los amarillos evitaron la repesca y entraron directamente en la Fase de Grupos acumulando así siete temporadas consecutivas en las que el Villarreal jugaba en Europa. El sorteo deparó que el Submarino quedara encuadrado en el Grupo E junto al Manchester United, el Aalborg y el Celtic de Glasgow. Una dura prueba que los amarillos superaron con nota.
El Villarreal volvió a escuchar el himno de la Champions League en la temporada 2008-2009 gracias a una temporada espectacular en Liga en la que consiguió el subcampeonato con 77 puntos sumados en su haber al finalizar la competición. Así, los amarillos evitaron la repesca y entraron directamente en la Fase de Grupos acumulando así siete temporadas consecutivas en las que el Villarreal jugaba en Europa. El sorteo deparó que el Submarino quedara encuadrado en el Grupo E junto al Manchester United, el Aalborg y el Celtic de Glasgow. Una dura prueba que los amarillos superaron con nota.
La mayor goleada de los amarillos en competición europea llegó en el tercer partido de la Fase de Grupos. El Madrigal fue testigo de un partido trepidante entre el Villarreal y el Aalborg danés que acabó con el resultado de 6-3 a favor del Submarino gracias a los goles de Rossi, Capdevila, Pires, y un ‘hat-trick’ de Joseba Llorente, que tuvo el honor de ser el primer jugador amarillo que conseguía marcar tres goles en un partido europeo.
El segundo partido ante los daneses, disputado en el estadio del Aalborg, acabó con empate a dos. Giuseppe Rossi adelantó a los amarillos con un disparo colocado rozando el tiempo de descanso, mientras que el Aalborg llegó a empatar por medio de Curth, ya en la segunda mitad. Guille Franco volvió a adelantar a los amarillos tras controlar con el pecho, pero un lanzamiento de falta de Due puso las tablas definitivas en el marcador.
Con ocho puntos en su casillero, el Villarreal recibió al Manchester United en El Madrigal. Un partido muy igualado que volvió a dar como resultado un 0-0 y que sirvió para que el Submarino se clasificara matemáticamente para la siguiente ronda. El último partido de la Fase de Grupos, disputado ante el Celtic de Glasgow, fue un mero trámite en el que los amarillos cayeron por 2-0, quedando finalmente en la segunda plaza de su grupo.
El sorteo de los octavos de final deparó que el Villarreal se enfrentara con el Panathinaikos griego. El partido de ida, disputado en El Madrigal, finalizó con un injusto empate, ya que el Submarino dispuso de innumerables ocasiones de gol y el conjunto griego aprovechó una de sus pocas oportunidades para marcar por medio de Karagounis. Rossi, de penalti cometido Pires, igualó la contienda.
El partido de vuelta se disputó en el ‘infierno griego’. El Villarreal necesitaba ganar o por lo menos empatar a más de un gol para pasar a la siguiente ronda. El ambiente era infernal, pero el Submarino impuso su mayor calidad y acabó doblegando al Panathinaikos por 1-2 con goles de Ibagaza y de Joseba Llorente en una noche histórica que se vivió con intensidad tanto en Atenas como en España, donde los aficionados amarillos disfrutaron de un nuevo triunfo de su equipo por televisión.
El Arsenal fue el rival del Villarreal en cuartos de final. Los ‘gunners’ volvieron a erigirse en el verdugo de los amarillos y acabaron con las esperanzas del Submarino en la competición. Un golazo de Marcos Senna desde 25 metros abría la eliminatoria en el partido de ida disputado en El Madrigal, pero Adebayor, de media chilena, se encargó de apagar la euforia amarilla ya en la segunda mitad del choque.
El partido de vuelta, jugado en el Emirates Stadium de Londres, acabó con un claro 3-0 a favor de los ingleses que eliminaron al Submarino con goles de Walcott, Adebayor y Van Persie. Pese a la derrota, el Villarreal volvía a demostrar su gran nivel en Europa.
