El Villarreal superó la Fase de Grupos de la UEFA Europa League como primer clasificado del grupo A, logrando mostrar su dominio frente a sus rivales, aunque no fue una clasificación fácil. De hecho, los amarillos certificaron su pase a la siguiente ronda en el penúltimo partido contra el Astana en Kazajistán (2-3).

El equipo de Fran Escribá empezó la competición con una cómoda victoria ante el Astana (3-1). En la jornada 2, el Submarino consiguió un punto, gracias a su empate en Israel, ante el Maccabi de Tel-Aviv (0-0) en el que fue el primer partido de Javi Calleja como entrenador del primer equipo amarillo.

Tras este, vino otro, ya que el Villarreal volvió a empatar, pero esta vez en casa, frente al Slavia Praha (2-2). En la siguiente jornada contra el mismo equipo, el Submarino venció y se llevó tres decisivos puntos en la República Checa (0-2).

La primera plaza se consolidó ante el Astana (2-3), en un duelo directo por el liderato del Grupo A. Ya en el último partido, con el primer puesto ya asegurado y una gran cantidad de canteranos en el equipo, el Villarreal cayó ante el Maccabi de Tel-Aviv en el Estadio de la Cerámica (0-1).

Pese a quedar como primero del Grupo, el rival del Submarino en los dieciseisavos fue un hueso muy duro de roer, el Olympique de Lyon, cuyo estadio albergaría la gran final. El partido de ida, disputado en el Parc Olympique Lyonnais, acabó con un 3-1 a favor del conjunto francés.

Ya en el Estadio de la Cerámica, la remontada no llegaría. El conjunto amarillo cayó debido a un gol de Traoré a cinco minutos del final del encuentro (0-1).