El Villarreal va tornar a disputar la Copa de la UEFA en la temporada 2007-2008. En aquesta edició els grocs van arribar fins a setzens de final, on van ser eliminats pel Zenit de Sant Petersburg, que finalment va resultar ser el campió de la competició.

L’equip de Manuel Pellegrini, que havia aconseguit la classificació directa al certamen per haver aconseguit la cinquena plaça de la Lliga Espanyola, va superar amb tranquil·litat i solvència la primera ronda de la Uefa enfront del FC Bat Borisov bielorús, vencent en ambdues ocasions (4-1 a casa i 0-2 fóra) demostrant la clara superioritat.

Líder i invicte del Grup C

D’aquesta manera, els grocs van compartir el Grup C amb la ACF Fiorentina, AEK Atenes, IF Elfsborg i FK Mladá Boleslav. El Villarreal es va mesurar en el debut contra la Fiorentina en El Madrigal, en el partit més complicat d’aquesta fase, on només va poder aconseguir un empat sobre el final dels xoc amb gol de Capdevila a pilota parada (minut 86’). No obstant açò, els pròxims tres enfrontaments serien molt més favorables per als de Pellegrini, que van millorar considerablement el seu rendiment i van aconseguir la puntuació ideal: va guanyar els tres partits que li quedaven.

La primera víctima el FK Mladá Boleslav a República Txeca (1-2), on el Villarreal va imposar la seua condició de favorit i el va superar durant quasi tot el partit. Nihat va avançar als groc i Santi Cazorla va ampliar el compte, en dues boniques definicions, i ho va aconseguir per al Submarí, que va poder golejar i va acabar patint pel que va pressionar el rival en el temps de descompte.

El Madrigal va ser testimoni del segon equip a caure en la Fase de Grups: 2-0 al IF Elfsborg. Un Villarreal moderat, sense xafar del tot l’accelerador, va solucionar el tràmit sense gastar totes les naus, amb un doblet del danès Jon Dahl Tomasson, que va poder haver-se fet amb un hat-trick des de la pena màxima, però el porter Wiland va parar la rematada.

I en la lluita per la definició del liderat, en el que a priori semblaria dels partits més complicats de la ronda, el conjunt de Pellegrini va demostrar actitud i ofici per a guanyar a l’AEK ni més ni menys que en l’Olímpic d’Atenes (1-2) i així acabar en el més alt del Grup C. Després d’una bonica paret, Mavuba va avançar als grocs i, malgrat l’empat provisional des d’una falta espectacular de Rivaldo, Tomasson va tornar a donar-li el triomf després de regatejar al porter Mascle.

El Zenit, vigent campió, va acabar amb el somni groc

El favoritisme li va jugar una mala passada al Villarreal, al que donaven com a possible candidat al títol, i havia de creuar-se amb un tercer classificat d’un altre grup en l’etapa final. El sorteig va posar al Zenit en el seu camí. I, en una eliminatòria desafortunada i molt parella, l’equip rus va acabar amb el somni groc.

El partit d’anada, disputat en les baixes temperatures i el mal estat del terreny de joc de Sant Petersburg, el Zenit va aconseguir l’únic gol del partit per una fallada en el càlcul –i mal pot de la pilota- del porter Diego López, que va acabar aprofitant Pogrebnyak.

La diferència no era inassolible per a la volta a casa. Però en El Madrigal, novament per una jugada desafortunada, una altra vegada Pogrebnyak va amargar a Diego López i va marcar per al vigent campió de la Uefa. El tant exigia als de Pellegrini marcar tres gols. El Villarreal va millorar en el seu joc, va ser superior a un Zenit aguerrit –que havia aconseguit l’avantatge quasi sense proposar-li-ho- i va estar molt prop de poder eliminar-ho. Guille Franco i Tomasson li van donar la volta al marcador (2-1), però no va ser suficient per a seguir en la competició.