La campaña comenzó con José Molina al frente del Villarreal B. El debut ante el otro filial de la Liga Adelante, el Barça B, no pudo resultar más prometedor (0-2), pero las cosas pronto se torcieron para un conjunto que, pese a exhibir una notable pegada y una gran capacidad para competir, fue cediendo puntos. Primero en forma de empate (Alcorcón, Guadalajara, Alcoyano, Córdoba o Girona) y después con dolorosas derrotas (Murcia, Celta, Elche, Las Palmas o Recreativo) que dejaron a los amarillos en una comprometida situación.

En enero, el técnico José Francisco Molina dio el salto al primer equipo, abriendo así la puerta del filial al por entonces entrenador del Villarreal C, Julio Velázquez. En el mercado de invierno, el filial subió aún más la apuesta y se presentó con caras nuevas: Manu Trigueros, Edu Ramos, Juanto, Moi y Pablo Íñiguez, todos ellos jóvenes promesas del Villarreal C, se incorporaban para dar la vuelta a la situación junto a miembros ya consagrados de la plantilla como Diego Mariño, Joselu, Lucas Porcar, Toribio o Kiko, entre otros.

La victoria contra el Hércules (0-2), uno de los todopoderosos de la categoría, en el primer partido de la segunda vuelta fue un síntoma de la recuperación de los amarillos, que siguieron a apostando por un juego alegre y vistoso pero que no renunciaba a la competitividad. Aunque le costó arrancar (cayó ante Sabadell y Alcorcón), el filial pronto tomó velocidad y ha terminado sumando nada menos que nueve victorias más (Guadalajara, Alcoyano, Nàstic, Murcia, Elche, Numancia, Xerez, Huesca y Recreativo) que lo han colocado en el duodécimo puesto de la Liga Adelante.

Por desgracia, y arrastrado por el descenso del primer equipo, el Villarreal B jugará la temporada próxima en Segunda B, si bien su despedida de la liga de plata ha sido por todo lo alto en su tercera temporada en el fútbol profesional.