El Villarreal va debutar en competició europeua l'any 2002 amb la disputa de la Copa Intertoto. L'honor de ser el primer rival del Submarí a Europa va recaure sobre el conjunt islandés de l'Hafnarjordur, que va visitar El Madrigal en la segona ronda de la competició caient en el partit d'anada per 2-0. Un resultat favorable als grocs que els va valdre per a classificar-se poc després amb l'empat a dos collit a Islàndia.

En tercera ronda de la Intertoto el Villarreal es va enfrontar al Torino, tot un clàssic a Itàlia. L'eliminatòria va resultar molt igualada, amb un 2-0 a favor del Torino en el partit d'anada i un altre 2-0, esta vegada a favor del Submarí, en el partit de volta. El passe es va decidir en els penals, classificant-se els grocs per 4-3.

Ja en semifinals el Villarreal es va mesurar a l'equip francés del Troyes, superant-li clarament per un global de 3-0. Tot pareixia indicar que el Submarí aconseguiria el passe per a la UEFA per mitjà del títol de la Intertoto, però el Màlaga es va encreuar en el seu camí. El conjunt andalús es va imposar en El Madrigal per 0-1 i després el partit de volta va acabar en empat a u. El Submarí es quedava amb la mel en els llavis. Poc després assaboriria la glòria.